Bethge ble født i Barmen, Tyskland, i 1909. Han studerte teologi ved universitetene i Bonn og Berlin. Etter endt utdanning tjente han som assisterende pastor ved en kirke i Berlin. I 1935 ble han utnevnt til sekretær for Dietrich Bonhoeffer, som da var pastor ved Friedenskirche i Berlin-Dahlem.
Bethge jobbet med Bonhoeffer til 1944, da Bonhoeffer ble arrestert av Gestapo. Bethge ble også arrestert, men han ble senere løslatt. Etter krigen jobbet Bethge som teolog og forfatter. Han var forfatter av flere bøker om Bonhoeffer og hans teologi.
I 1972 mottok Bethge sammen med to av Bonhoeffers andre tidligere sekretærer for Nobels fredspris. Prisen ble gitt for formidling av Bonhoeffers samlede verk.
Bethge døde i Berlin i 2000. Han ble 91 år gammel.