Klimax: X-Men, sammen med deres allierte, konfronterer Sebastian Shaw og teamet hans av mutante skurker i et siste oppgjør ombord på en atomubåt. Erik Lehnsherr (Magneto) søker først hevn for grusomhetene begått mot mutanter, og truer med å bruke ubåtens atomraketter for å ødelegge verden.
Vendepunktet: Charles Xavier (professor X) griper inn, appellerer til Eriks menneskelighet og minner ham om at deres sanne mål er å beskytte mutanter, ikke ødelegge menneskeheten. Dette øyeblikket av forbindelse mellom de to vennene snur slagets gang.
Seieren: X-Men, med hjelp av Moira MacTaggert, klarer å avvæpne missilene og beseire Shaw og teamet hans.
Den bittersøte slutten: Mens de har sikret seg en midlertidig seier, ender filmen på en melankolsk tone:
* Eriks svik: Erik, til tross for at han blir påvirket av Charles' ord, føler seg fortsatt dypt såret av forfølgelsen av mutanter og går bort for å begynne sin egen vei, noe som antyder en potensiell fremtidig konflikt med Charles og X-Men.
* Karles skyld: Charles blir knust etter Eriks avgang og bærer byrden av sin egen skyldfølelse over tragedien under Cubakrisen, som han uvitende bidro til å avverge, men på bekostning av tusenvis av liv.
* En ny æra begynner: Filmen ender med dannelsen av X-Men som et team dedikert til å beskytte både mennesker og mutanter, men med en følelse av usikkerhet om fremtiden og den potensielle trusselen som Erik Lehnsherrs økende harme utgjør.
Slutten etterlater et dvelende spørsmål: Vil Erik og Charles forbli på motsatte sider, eller vil de finne en måte å bygge bro over forskjellene på? Dette spørsmålet setter scenen for fremtiden til X-Men-serien.