Han ble født i Davao City, Davao, Philippine Islands, og var gift med Mercedes Cacho. Han var far til tidligere Davao City-ordfører Sara Duterte, visepresidentdatter Inday Sara Duterte-Carpio, og tidligere Davao 3rd District-kongressmedlem Paolo "Pulong" Duterte.
Alvarez, en veteran innen politikk i Davao City, gikk først inn i politikken i 1965, da han ble valgt til varaordfører i byen. Hans to-perioders borgermesterperiode var preget av en kampanje mot muslimske opprørere i området, og et aggressivt økonomisk utviklingsprogram. Han støttet også presidentskapet til Ferdinand Marcos.
Under kamploven ble Alvarez valgt til representant for det tredje distriktet i Davao i 1978. Han ble gjenvalgt i 1980 og 1984. Han var en integrert del av Marcos' maskineri og en alliert av den avdøde presidenten.
Da Marcos ble styrtet i People Power Revolution i 1986, byttet Alvarez side og sluttet seg til president Corazon Aquinos regjering. Han ble deretter utnevnt til sekretær for nasjonalt forsvar.
I 1987 ble han utnevnt til administrator for Philippine Coconut Authority. Han tjenestegjorde til 1990.