1. Konflikten med den ytre verden: Santiago møter forskjellige eksterne hindringer gjennom hele reisen. Disse inkluderer:
* Ørkenens farer: Han møter tyver, hardt vær og den konstante trusselen om dehydrering og sult.
* De kulturelle forskjellene og fordommene: Han møter mistenksomhet og mistillit fra mennesker med forskjellige kulturer og bakgrunner, spesielt i ørkenen.
* Utfordringen med å overvinne sin egen frykt og usikkerhet: Dette inkluderer hans frykt for å miste alt, hans tvil om egne evner og presset fra samfunnsmessige forventninger.
2. Konflikten med hans indre: Santiago opplever en betydelig intern kamp gjennom hele reisen, og sliter med:
* Hans tvil og frykt: Han stiller spørsmål ved sine egne evner og gyldigheten av drømmen, og gir ofte etter for frykt og utsettelse.
* Fristelsen av komfort og sikkerhet: Han blir fristet til å forlate reisen og vende tilbake til sitt vante liv, og ofre drømmen for en komfortabel tilværelse.
* Kampen for å opprettholde sin tro: Santiago må hele tiden minne seg selv på sin tro på den personlige legenden og overvinne skepsisen og negativiteten som oppstår fra hans egen indre stemme og verden rundt ham.
Disse konfliktene, både ytre og indre, fletter seg sammen og bidrar til bokens overordnede tema, som er viktigheten av å følge sine drømmer og omfavne selvoppdagelsesreisen.