* Farene ved hybris: Elric-brødrenes forsøk på å bruke alkymi for å gjenopplive moren fører til deres egen lemlestelse, og fremhever de potensielle farene ved ukontrollerte ambisjoner og jakter på kunnskap uten å forstå dens fulle implikasjoner.
* Søken etter sannhet: Serien utforsker sannhetens natur og hvordan den kan forvrenges eller manipuleres, spesielt innenfor konteksten av militæret og State Alchemist-programmet.
* Betydningen av menneskelig tilknytning og empati: Serien understreker verdien av menneskelige relasjoner og hvordan de kan hjelpe enkeltpersoner å navigere i kompleksiteten i sine egne erfaringer. Dette er tydelig i de sterke båndene mellom Elric-brødrene, så vel som de forskjellige relasjonene de knytter gjennom reisen.
* De etiske implikasjonene av vitenskapelig fremgang: Fullmetal Alchemist kjemper med de etiske dilemmaene som utgjøres av kraftige teknologier, som alkymi, og potensialet for misbruk. Det oppmuntrer publikum til å vurdere ansvaret som følger med kunnskap og dens anvendelser.
Til syvende og sist antyder serien at selv om jakten på kunnskap er verdifull, må den balanseres med visdom, empati og en dyp forståelse av dens potensielle innvirkning på verden og de rundt oss.