* Den menneskelige naturs dualitet: Dette er det mest fremtredende temaet. Romanen utforsker den iboende konflikten mellom godt og ondt i hvert enkelt individ. Jekyll representerer den respektable, velmenende siden av menneskets natur, mens Hyde legemliggjør de mørke, primale driftene som lurer under overflaten.
* Faren ved å undertrykke ens sanne natur: Ved å forsøke å undertrykke sine mørkere impulser, slipper Jekyll dem til slutt løs i form av Hyde. Historien antyder at det å benekte eller undertrykke deler av seg selv kan være ødeleggende.
* Vitenskapens kraft og dens potensial for misbruk: Jekylls eksperimenter med transformasjon til Hyde representerer vitenskapens hybris, ideen om at mennesker kan leke Gud og tukle med naturen. Historien advarer mot den ukontrollerte jakten på kunnskap og dens potensielt skadelige konsekvenser.
* Konsekvensene av synd og forløsning: Hydes handlinger representerer konsekvensene av å hengi seg til onde ønsker. Historien utforsker også muligheten for forløsning, da Jekyll prøver å sone for handlingene sine og til slutt møter konsekvensene av valgene sine.
* Identitetens natur: Jekylls transformasjon til Hyde reiser spørsmål om identitetens natur. Er identitet fast eller flytende? Kan man virkelig skille seg fra de mørkere sidene ved personligheten deres?
* Sosialt hykleri og viktoriansk moral: Romanen kritiserer det viktorianske samfunnets rigide moralkodeks og hykleriet som ofte ligger til grunn for det. Jekylls transformasjon til Hyde avslører de mørke understrømmene som eksisterer under overflaten av et tilsynelatende respektabelt samfunn.
Dette er bare noen av hovedtemaene som ble utforsket i "Dr. Jekyll and Mr. Hyde." Romanen fortsetter å appellere til leserne fordi den fordyper seg i tidløse spørsmål om menneskets natur, moral og det komplekse forholdet mellom godt og ondt.