Forsterkere:Dette er DNA-sekvenser som binder transkripsjonsfaktorer og fremmer transkripsjonen av nærliggende gener. For eksempel er forsterkeren i immunoglobulin-tungkjede-lokuset ansvarlig for det høye ekspresjonsnivået av disse genene i B-celler.
Promotorer:Dette er DNA-sekvenser som binder RNA-polymerase og initierer transkripsjon av gener. For eksempel er promoteren i det humane veksthormongenet ansvarlig for uttrykket av dette genet i hypofysen.
Lyddempere:Dette er DNA-sekvenser som binder transkripsjonsfaktorer og undertrykker transkripsjonen av nærliggende gener. For eksempel er lyddemperen i det humane β-globingenet ansvarlig for undertrykkelsen av dette genet i ikke-erytroide celler.
Transagerende sekvenser:
Transkripsjonsfaktorer:Dette er proteiner som binder seg til cis-virkende sekvenser og regulerer transkripsjonen av gener. For eksempel binder transkripsjonsfaktoren Oct-1 seg til oktamer-motivet i immunoglobulin-tungkjedeforsterkeren og fremmer transkripsjonen av disse genene i B-celler.
RNA-polymerase:Dette er et proteinkompleks som binder seg til promotere og transkriberer gener til RNA.
Andre regulatoriske proteiner:Dette er proteiner som binder seg til cis-virkende sekvenser og regulerer transkripsjonen av gener på ulike måter. For eksempel binder proteinet CTCF til CCCTC-motivet i det humane β-globingenet og hjelper til med å organisere kromatinstrukturen i denne regionen, som er nødvendig for undertrykkelse av genet i ikke-erytroide celler.