Men etter hvert som historien skrider frem, oppstår det spenninger når en utvalgt gruppe griser begynner å manipulere og utnytte sine meddyr. Konflikten forsterkes når grisene, ledet av den utspekulerte og autoritære villsvinen Napoleon, begynner å modifisere de syv bud – gårdens veiledende prinsipper – for å tjene sine egne interesser.
Napoleon og hans medgriser påtar seg gradvis lederroller og etablerer et hierarkisk system som setter dem over de andre dyrene. Dette fører til et dypt skille i dyresamfunnet, ettersom Napoleon og hans håndlangere nyter privilegier og luksus mens resten av dyrene sliter for gårdens vedlikehold.
Konflikten dreier seg om grisenes jakt på makt og de andre dyrenes kamp for å opprettholde idealene til deres første opprør. Til syvende og sist blir Animal Farms utforskning av utfordringene med å fremme ekte likestilling en kritikk av totalitære samfunn og korrupsjonen av tilsynelatende edle ideologier.