Under krigen var Yahiko, Nagato og Konan vitne til krigens gru og bestemte seg for at de en dag ville skape en verden uten krig og smerte. De dannet Akatsuki, en organisasjon dedikert til å oppnå fred på alle nødvendige måter.
Opprinnelig var Akatsuki en liten organisasjon som fokuserte på å hjelpe små landsbyer og land som hadde blitt rammet av krig. Etter hvert som organisasjonen vokste i makt og innflytelse, begynte den imidlertid å tiltrekke seg oppmerksomheten til de større shinobi-landsbyene. Landsbyene begynte å se Akatsuki som en trussel, og de begynte å ta grep mot organisasjonen.
Som et resultat av presset fra landsbyene begynte Akatsuki å endre seg. Den ble mer militarisert, og den begynte å fokusere på å oppnå makt i stedet for å oppnå fred. Organisasjonen begynte å rekruttere kriminelle fra S-rangen, og den ble stadig mer hensynsløs i sine metoder.
Til slutt ble Akatsuki beseiret av Naruto Uzumaki og vennene hans, og medlemmene ble spredt over hele verden. Arven etter Akatsuki fortsetter imidlertid å leve videre, og den er fortsatt et symbol på farene ved ekstremisme.