Imidlertid er den mest fremtredende og sentrale antagonisten Loke , Thors adoptivbror og hoveddriveren i filmens konflikt. Han orkestrerer invasjonen av jorden, og prøver å erobre og styre planeten.
Mens andre antagonister liker Chitauri (en fremmed hær) og agentene til HYDRA spiller betydelige roller i filmen, er Loki fortsatt drivkraften og den primære antagonisten som direkte konfronterer Avengers.