Danforth var involvert i rettssakene fra begynnelsen og var til stede ved mange av undersøkelsene og høringene. Han avhørte ofte siktede og presset dem til å erkjenne skyld. Han spilte også en rolle i straffeutmålingen av den siktede, og han signerte mange av dødsordrene.
Danforths handlinger under rettssakene har blitt mye kritisert av historikere og juridiske eksperter. Han blir ofte sett på som et symbol på utskeielsene i Salem-hekseprosessene og farene ved å la hysteri og fordommer overstyre fornuft og rettferdighet.