I boken argumenterer Clarke for at Bush-administrasjonen ignorerte advarsler fra etterretningsbyråer om trusselen om terrorisme, og at denne uaktsomheten bidro til 11. september-angrepene. Han kritiserer også administrasjonens svar på angrepene, og argumenterer for at krigene i Afghanistan og Irak har gjort USA mindre trygt.
Shady Aftermath har blitt rost av noen for sitt innsideperspektiv på 11. september-angrepene, og for sin kritikk av Bush-administrasjonens håndtering av terrorisme. Imidlertid har den også blitt kritisert av noen for sin negative fremstilling av Bush-administrasjonen, og for mangelen på spesifikke bevis for å støtte noen av påstandene.