Hun forlater gruppen på slutten av Johto-sagaen (rundt slutten av Pokemon Gold and Silver-anime) og dukker ikke opp igjen før begynnelsen av Sinnoh-sagaen (rundt begynnelsen av Pokemon Diamond and Pearl-anime).
Selv om det er noen få tilfeller av at Misty dukker opp i Hoenn-animeen i tilbakeblikk eller omtaler, besøker hun aldri regionen fysisk i hovedhistorien.