Forskningsmetoder bruke både etnografi og musikalsk transkripsjon og analyse og inkludere feltarbeid og intervjuer med informanter. Noen etnomusikologer fremfører også musikken de studerer, mens andre fokuserer mer på analyse og tolkning.
Feltarbeid lar etnomusikologer fordype seg i musikken og kulturen til menneskene de studerer, slik at de får en dyp forståelse av rollen musikk spiller i livene deres.
Fordi kulturer og musikalsk praksis er i stadig endring, samler etnomusikologer ofte inn lyd- og videoopptak, transkriberer og analyserer musikkopptredener, lager musikkinstrumenter, komponerer og arrangerer musikk og dokumenterer resultatene av forskningen deres i bøker, artikler og andre publikasjoner.