Gottschalks musikk blir ofte beskrevet som "nasjonalistisk" fordi den inneholder elementer av amerikansk folkemusikk og populærmusikk. Han brukte også afroamerikanske spirituals og andre elementer av afroamerikansk musikk i komposisjonene sine. Gottschalks musikk er ofte preget av bruk av synkopering, improvisasjon og virtuos pianoteknikk.
Noen av Gottschalks mest kjente komposisjoner inkluderer "Bamboula", "The Banjo", "The Union" og "The Last Hope". Disse musikkstykkene er alle representative for Gottschalks unike stil og hans forpliktelse til å skape en utpreget amerikansk musikk.