Sangen begynner med linjene, "Se på stjernene, se hvordan de skinner for deg / Og alle tingene du gjør," som antyder en følelse av undring og takknemlighet for livets skjønnhet. Stemningen skifter imidlertid raskt til en melankoli mens sangeren reflekterer over tidens gang:"Klokken tikker, den tikker bort / Og solen går ned, og natten kommer."
Refrenget uttrykker en lengsel etter fortiden og et ønske om å holde på kjære øyeblikk:"I feel like I'm on fire, everything's on fire / Wanna get up, wanna get out, wanna get home / Wherever that is." Sangeren lengter etter å unnslippe tidens nådeløse fremmarsj og vende tilbake til en enklere, lykkeligere tid.
Det andre verset utforsker temaet om å søke etter mening i livet:"Jeg søker etter noe jeg ikke kan finne / Og jeg holder på alt jeg kan / For å komme til toppen av fjellet, nå toppen av fjellet / Og jeg føler at jeg drukner i havet." Sangeren føler seg fortapt og borte, og griper desperat etter noe å holde på i en verden som virker overveldende og usikker.
Broen byr på et glimt av håp, der sangeren uttrykker et ønske om å få kontakt med andre og finne trøst i deres nærvær:"Jeg vil ha deg her, jeg vil ha deg i nærheten / jeg vil slå armene mine rundt deg nå." Dette tyder på en lengsel etter menneskelig tilknytning og behov for støtte og selskap i møte med livets utfordringer.
Sangen avsluttes med et gjentatt refreng av "Se på stjernene, se hvordan de skinner for deg", som gjenspeiler åpningslinjene, men med en nyvunnet følelse av aksept og forståelse. Sangeren ser ut til å ha forsonet seg med tidens gang og livets forgjengelighet, og funnet trøst i nattehimmelens skjønnhet og stjernenes varige tilstedeværelse.
Totalt sett er "Clocks" en gripende og reflekterende sang om de universelle menneskelige opplevelsene av tap, lengsel og søken etter mening med livet. Den fanger tilværelsens bittersøthet, og anerkjenner smerten og beklagelsen over tidens gang, samtidig som den feirer skjønnheten og underverket ved livets reise.