Fagotten er et treblåseinstrument med dobbeltrør, mens fløyten er et treblåseinstrument som spilles ved å blåse luft over et hull. Embouchuren (leppeplasseringen) og luftstrømmen som kreves for å spille fagott er ganske forskjellig fra de som kreves for å spille fløyte, så å lære å spille fagott vil ikke være lettere for noen som allerede har lært å spille fløyte. Faktisk kan det til og med være vanskeligere, ettersom fagott generelt anses for å være et mer utfordrende instrument å lære enn fløyte.