Her er noen av Bachs mest kjente komposisjoner for hvert instrument:
Clavier:
- The Well-tempered Clavier (to sett med preludier og fuger i alle 24 dur- og molltonarter)
- Goldberg-variasjoner
- Franske suiter
- Engelske suiter
- Partitas
- Oppfinnelser og sinfonier
Orgel:
- Toccata og fuga i d-moll
- Preludium og fuga i Es-dur
- Fantasi og fuga i g-moll
- Passacaglia og fuga i c-moll
- Koralpreludier
Fiolin:
- Sonater og partitaer for solo fiolin
- Dobbel fiolinkonsert
- Fiolinkonserter nr. 1 og 2
Viola da gamba:
- Seks suiter for Viola da Gamba
- Sonater for Viola da Gamba og cembalo
Cello:
- Seks suiter for cello
- Cellokonserter nr. 1 og 2
- Cellosuiter
Fløyte:
- Fløytesonater
- Fløytekonserter
Obo:
- Obokonserter
- Obosonater
Fagott:
- Fagottkonsert
- Fagottsonater
Trompet:
- Brandenburg-konsert nr. 2
- Trompetkonsert i D-dur
Trombone:
- Brandenburg-konsert nr. 1
- Koralpreludier med tromboner
Bachs komposisjoner inkluderer også en rekke vokalverk, som kantater, motetter, lidenskaper og oratorier. Noen av hans mest kjente vokalverk inkluderer:
- Matteus-pasjonen
- St. John Passion
- Messe i h-moll
- Magnificat
- Juleoratoriet
- Påskeoratoriet