Aphex Twin spiller en rekke instrumenter, inkludert synthesizer, sampler, trommemaskin og sequencer. Han er også kjent for sin bruk av datamaskiner og programvare for å lage musikken sin. Han har brukt en rekke programmer, inkludert Ableton Live, Logic Pro og Max/MSP.
Aphex Twins musikk er ofte preget av dens komplekse rytmer, intrikate melodier og eksperimentelle lyder. Han regnes for å være en av de mest innflytelsesrike elektroniske musikerne i sin generasjon.