Spillets historie dreier seg om "Eggman Empire," en gruppe roboter og monstre kontrollert av Dr. Eggman. Dette imperiet består av forskjellige «Eggman-minions», hver med unike evner og utseende.
Mens noen av disse håndlangerne, som "Egg-bonde" og «Egghornet» er kjente, andre er mer mystiske. De som oftest refereres til som "mystiske monstre" inkluderer:
* "Egg Cerberus": En trehodet hundelignende robot med en kraftig drill.
* "Egg Golem": En massiv, saktegående robot med en stor hammer.
* "Egg King": En gigantisk, tronelignende robot med kraftige lasere.
Dette er bare noen få eksempler, og mange andre unike og navnløse roboter og monstre dukker opp gjennom hele spillet, noe som øker mystikken og intrigene.
Så selv om det ikke er et eneste "mystisk monster", bidrar den kollektive tilstedeværelsen til disse unike og spennende karakterene til den fengslende og mystiske atmosfæren til Sonic Heroes.