1. Dementorangrep: Boken åpner med at Harry blir angrepet av dementorer mens han var på vei til huset til Muggle-fetteren Dudley. Han bruker en Patronus-sjarm for å bekjempe dementorene, men hans ulovlige bruk av magi utenfor Galtvort fører til at han blir utvist.
2. Føniksordenen: Sirius Black, Harrys gudfar, informerer ham om at magidepartementet prøver å undertrykke rapporter om Voldemorts tilbakekomst. For å bekjempe dette, danner Humlesnurr Føniksordenen, en hemmelig organisasjon dedikert til å bekjempe Voldemort og hans tilhengere.
3. Propaganda fra departementet: Departementet miskrediterer Harrys beretning om Voldemorts tilbakekomst og stempler ham som en løgner og oppmerksomhetssøker. The Daily Prophet, en trollmannsavis, publiserer negative artikler om Harry, noe som skader ryktet hans ytterligere.
4. Forsvar mot den mørke kunsten: Dolores Umbridge, en høytstående tjenestemann fra departementet, er utnevnt til ny professor i forsvar mot mørke kunst ved Galtvort. Hun nekter å lære elevene praktiske defensive trollformler, og hevder at teoretisk kunnskap er tilstrekkelig.
5. Studentopprør: Frustrert over Umbridges metoder og departementets manglende vilje til å akseptere sannheten om Voldemort, danner Harry, Hermione Granger og Ron Weasley en underjordisk studentorganisasjon kalt Dumbledore's Army. De møtes i all hemmelighet for å lære riktig forsvar mot mørkekunsten.
6. En profeti åpenbart: Harry lærer av en profeti som er skjult i Department of Mysteries at enten han eller Voldemort må drepe den andre for å overleve. Deres skjebner er uløselig knyttet sammen.
7. Slaget ved Department of Mysteries: Voldemort lokker Harry og vennene hans til Department of Mysteries, på jakt etter profetien han tror vil garantere hans udødelighet. En spent kamp følger mellom Humlesnurrs hær og Dødsetere, Voldemorts tilhengere. Sirius Black dør under konflikten og ødelegger Harry.
8. Sannheten avslørt: Harry blir frikjent etter at Magidepartementet er vitne til Voldemorts retur. Humlesnurr bekrefter at Voldemort forsøkte å eie Harry som baby, men mislyktes.
9. Ettervirkninger og cliffhanger: Boken avsluttes med at trollmannsverdenen er i høy beredskap, vel vitende om at en betydelig kamp mot Voldemort og hans styrker er uunngåelig.
"Harry Potter og Føniksordenen" utforsker temaer som vennskap, mot og viktigheten av å kjempe for det som er rett, midt i en klimaktisk kamp som endrer seriens gang.