Sesong 11 – Faked Death:
1. I sesong 11-finalen med tittelen «Engaged, Part II» blir Ziva tilsynelatende drept av et morterangrep under en hemmelig operasjon i Israel for å spore opp en terrorist ved navn Saleem. Det blir senere avslørt at Ziva faktisk hadde overlevd og forfalsket hennes død for å beskytte seg selv og hennes kjære mot farlige elementer.
Sesong 13 – Avreise til Paris:
2. Zivas andre avgang skjedde i sesong 13, episode 24, med tittelen "Family First." Det blir avslørt at Ziva hadde bodd undercover i Paris med en datter som heter Tali, resultatet av et tidligere forhold. Ziva velger å bli i Paris for å sikre Talis sikkerhet, og tar farvel med kollegene ved NCIS.
Imidlertid kom Cote de Pablo tilbake for gjesteopptredener i påfølgende sesonger, og opprettholdt Zivas tilknytning til showet og la muligheten åpen for fremtidige opptredener eller utviklinger i karakterens historie.