Større antagonister:
* Magneto: Den mest ikoniske X-Men-skurken, Magneto, er en kraftig mutant med evnen til å manipulere magnetisme. Han mener at mutanter er overlegne mennesker og bør styre verden, ofte i konflikt med professor Xs drøm om fredelig sameksistens.
* Apokalypse: En kraftig, eldgammel mutant med evnen til å absorbere andres krefter, prøver Apocalypse å rense verden og skape en ny orden med seg selv som sin hersker.
* Sabeltann: En vill og brutal mutant med forbedrede sanser, overmenneskelig styrke og regenerative evner, Sabeltann er et nådeløst rovdyr og en svoren fiende av Wolverine.
* Mystikk: Mystique er en mester i formskifting og bedrag, en dyktig spion og leiemorder som ofte opererer i skyggene. Hun har et komplekst forhold til X-Men, noen ganger fungerer hun som en alliert og andre ganger som en hensynsløs fiende.
* The Brotherhood of Mutants: En gruppe mutanter ledet av Magneto som mener at mennesker er fienden og mutanter må styre. Denne gruppen har inkludert mange medlemmer gjennom årene, inkludert Toad, Pyro og Blob.
Andre bemerkelsesverdige motstandere:
* Mr. Uhyggelig: En briljant, men hensynsløs genetiker som er besatt av å manipulere mutant evolusjon.
* The Juggernaut: En ustoppelig naturkraft med enorm styrke og usårbarhet.
* Sentinels: Kraftige roboter designet for å jakte og ødelegge mutanter.
* The Hellfire Club: En eksklusiv og mektig organisasjon som søker å kontrollere mutante krefter for sine egne formål.
* William Stryker: En militærleder som mener mutanter er en trussel mot menneskeheten og forsøker å eliminere dem.
Organisasjoner:
* AIM (Advanced Idea Mechanics): En vitenskapelig organisasjon som ofte driver med farlig teknologi og har kollidert med X-Men ved flere anledninger.
* Hydra: En global terrororganisasjon med en historie med å forsøke å kontrollere mutante makter.
* Renserne: En fanatisk gruppe mennesker som tror at mutanter er en pest over verden.
Det er viktig å merke seg at X-Men har møtt mange andre motstandere gjennom sin lange historie, men disse er noen av de mest bemerkelsesverdige og tilbakevendende fiendene. X-Mens fiender gjenspeiler de komplekse temaene fordommer, frykt og kampen for likestilling som er vevd gjennom hele franchisen.