1. Regjeringens konspirasjon :Bourne var opprinnelig en høyt trent CIA-snikmorder kjent som «David Webb». Men etter at en useriøs operasjon gikk galt, led han hukommelsestap og ble en sivilist uten noe minne om fortiden sin. CIA og andre offentlige etater prøver å eliminere ham for å dekke over hemmelighetene til Treadstone-programmet, et hemmelig svart ops-prosjekt som skapte Bourne og andre leiemordere som ham.
2. Blackbriar :Blackbriar er en etterfølgerorganisasjon til Treadstone, dannet av tidligere CIA-tjenestemenn. De ønsker å kontrollere Bourne og bruke ferdighetene hans til sine egne hemmelige operasjoner. Bourne blir imidlertid en trussel mot planene deres på grunn av hans uavhengige natur og risikoen for å avsløre deres aktiviteter.
3. Kirill og den russiske regjeringen :I noen tilfeller kommer Bournes handlinger i konflikt med interessene til den russiske regjeringen, spesielt karakteren Kirill. Kirill er en høytstående russisk etterretningsoffiser som ønsker hevn mot Bourne for tidligere handlinger som involverte kjæres død. Han anser Bourne som en personlig fiende og prøver å eliminere ham.
4. Personlig fiendskap :Mens Bourne avdekker sannheten om fortiden hans og konspirasjonene rundt ham, møter han enkeltpersoner som utvikler en personlig vendetta mot ham. Disse personene kan være tidligere kolleger eller fiender som føler seg forrådt eller krenket av Bournes handlinger, og motiverer dem til å søke hevn.
Det er viktig å merke seg at årsakene til å ønske å drepe Bourne varierer avhengig av de spesifikke handlingslinjene til Bourne-seriens bøker eller filmer, og ikke alle disse årsakene er kanskje til stede i hver historie.