Hiro Nakamura er en av få helter som har klart å holde seg på frifot. Han har brukt sine evner til å reise i tid for å redde mennesker og forhindre katastrofer, men han er også klar over at verden fortsatt står overfor en stor trussel.
Sesongens viktigste skurk er en ny karakter ved navn Erica Kravid, sjefen for et globalt medieimperium som i hemmelighet manipulerer hendelser bak kulissene. Erica er fast bestemt på å ta kontroll over verdens regjeringer og eliminere enhver trussel mot makten hennes, inkludert helter og skurker.
Etter hvert som Ericas planer begynner å gå i oppfyllelse, må heltene slå seg sammen en siste gang for å stoppe henne og redde verden. Den siste sesongen kulminerer i en kamp mellom kreftene på godt og ondt, med heltene som til slutt råder og gjenoppretter fred i verden.