Murder on the Orient Express dykker ned i temaet identitet og dets kompleksitet. Romanen presenterer flere karakterer med ulike bakgrunner, kulturer og agendaer, som hver skjuler en skjult identitet eller bærer på hemmeligheter. Poirot, detektiven, må se utover overflaten for å fastslå passasjerenes sanne karakterer og motivasjon.
Temaet rettferdighet spiller også en betydelig rolle i historien. Poirot søker ikke bare å løse forbrytelsen, men også å sikre at rettferdighet blir servert. Passasjerene står overfor et etisk dilemma når de kommer sammen for å avgjøre morderens skjebne. De må avgjøre om de skal følge strenge juridiske prosedyrer eller ta saken i egne hender for å oppnå en følelse av rettferdighet som de mener er nødvendig.
Romanen reiser spennende spørsmål om kompleksiteten i menneskelig identitet, moralens tvetydighet og søken etter sannhet og rettferdighet.