Han har imidlertid opplevd flere nær-døden-opplevelser og har blitt avlivet i alternative tidslinjer og historielinjer :
* The Clone Saga (1994-1996): Denne beryktede historien så Spider-Man tilsynelatende dø og bli erstattet av en klon, selv om dette til slutt ble avslørt for å være et bedrag.
* "One More Day" (2007): I denne historien inngår Spider-Man en avtale med Mephisto for å redde tante Mays liv, men på bekostning av å slette ekteskapet hans med Mary Jane Watson fra eksistensen.
* "The Death of Spider-Man" (2004): Dette var en egen kontinuitet, utenfor hoveduniverset Marvel, der Spider-Man ble drept av Green Goblin.
* "Spider-Man:Reign" (2007): Denne fremtidige tidslinjen så en eldre, utmattet Spider-Man dø etter en siste kamp med Green Goblin.
Det er viktig å merke seg at dette er spesifikke tilfeller og ikke gjelder Marvel-universet. Mens Spider-Man har møtt mange utfordringer og tragedier, fortsetter han å være en ikonisk helt i Marvel-universet.