Selv om det teknisk sett er en del av det samme fiktive universet, er begivenhetene til Prometheus stort sett separate og ikke knyttet til de viktigste Alien- og Predator-historiene.
Her er hvorfor:
* Ulik tidslinje: Prometheus finner sted tusenvis av år før hendelsene til Alien, og dens fokus er på opprinnelsen til Xenomorphs og ingeniørene, ikke hendelsene til den originale Alien-serien.
* Diskontinuitet: Begivenhetene til Prometheus blir ikke referert til eller anerkjent i Alien-filmene som kom etter den.
* Motsigelser: Prometheus introduserte konsepter og forklaringer som motsier den etablerte lore av Alien-franchisen, og skapte en forvirrende og inkonsekvent fortelling.
Det er imidlertid verdt å merke seg at:
* En tilkobling er bekreftet: Filmen deler noen vanlige elementer med Alien-franchisen, som tilstedeværelsen av Space Jockey, det ikoniske romvesendesignet og de overordnede temaene utforskning og fare.
* Direktorens hensikt: Regissør Ridley Scott hadde til hensikt at Prometheus skulle være en prequel til Alien, men til syvende og sist er filmens tilknytning til hovedserien løs og åpen for tolkning.
Totalt sett, mens Prometheus er satt i samme univers som Alien og Predator, regnes det ikke som kanon for hovedhistorien. Det er bedre å se den som en egen film som deler noen tematiske og visuelle elementer med franchisen, men til slutt gir et annet perspektiv på Alien-mytosen.