Etter hvert som serien skrider frem, mottar jentene mystiske meldinger og trusler fra "A", som ser ut til å kjenne hver eneste bevegelse og hemmelighet deres. De begynner å mistenke alle rundt dem, inkludert vennene deres, familiemedlemmer og til og med hverandre. Jentene må jobbe sammen for å avdekke identiteten til "A" og stoppe plagene deres, alt mens de håndterer sine egne personlige problemer og hemmeligheter.
«Pretty Little Liars» utforsker temaer som vennskap, svik, hemmeligheter og identitet, mens jentene navigerer seg gjennom dramaet og mysteriene som omgir dem. Serien inneholder også ulike romantiske forhold, familiedynamikk og vendinger som får publikum til å gjette helt til slutten.