Whitman-massakren var en kompleks og tragisk hendelse. Noen beretninger antyder at Whitman-familien ble drept som gjengjeldelse for en meslingeepidemi som hadde feid gjennom Cayuse-stammen, og som mange mente ble spredt med overlegg av misjonærene. Andre antyder at massakren var motivert av Cayuses harme over det økende antallet nybyggere som ankom deres territorium.
Uansett årsak markerte massakren et vendepunkt i historien til det amerikanske vesten, og det er fortsatt et kontroversielt og emosjonelt tema den dag i dag.