- Moralitet og nytte (1891):I denne boken argumenterer Thomson for at moral er basert på nytte, eller prinsippet om å maksimere lykke og minimere smerte. Han forsvarer denne posisjonen mot diverse kritikk, inkludert anklagen om at den fører til egoisme og at den ikke kan redegjøre for den moralske betydningen av visse handlinger.
- The utilitarian Theory of Law (1893):I dette arbeidet anvender Thomson nytteprinsippet på rettsfilosofien. Han argumenterer for at loven bør utformes for å fremme størst lykke for det største antallet mennesker, og at dette prinsippet bør brukes til å tolke og vurdere juridiske regler og avgjørelser.
- Politisk etikk (1895):I denne boken diskuterer Thomson det etiske grunnlaget for politiske institusjoner. Han argumenterer for at staten er rettferdiggjort som et middel til å fremme menneskers velvære, og at den beste styreformen er den som mest effektivt oppnår dette målet.
- Ondskapens problem (1910):I dette verket tar Thomson opp spørsmålet om hvorfor det er ondskap i verden hvis Gud eksisterer. Han argumenterer for at ondskap ikke er i strid med eksistensen av en velvillig Gud, og at det kan forklares med prinsippet om fri vilje og menneskets begrensede natur.
- Historien om antikkens filosofi (1921):Denne boken gir en omfattende oversikt over filosofiens historie fra de gamle grekerne til middelalderen. Thomson diskuterer de viktigste filosofene og filosofiske bevegelsene i denne perioden, og analyserer deres bidrag til filosofien.
Dette er bare noen av verkene skrevet av Francis Paul Thompson. Han var en produktiv forfatter og verkene hans har hatt en betydelig innflytelse på utviklingen av moralsk og politisk filosofi.