1. Oversimplifisering av komplekse historiske problemstillinger :Noen historikere hevder at dokumentaren presenterte visse komplekse historiske hendelser på en forenklet eller til og med romantisert måte, uten å fullt ut utforske nyansene og kompleksitetene deres. For eksempel ble skildringen av krigen som en rett frem moralsk konflikt mellom det heroiske nord og det skurkelige sør utfordret av noen som neglisjerende faktorer som statlige rettigheter og økonomiske interesser som påvirket begge sider.
2. Mangel på ulike perspektiver :Kritikere påpekte at dokumentaren hovedsakelig fokuserte på opplevelsene til hvite individer og ledere, og ga mindre oppmerksomhet til erfaringene og bidragene til afroamerikanere, kvinner, indianere og andre marginaliserte grupper under krigen. Noen historikere hevdet at en mer inkluderende fortelling kunne gitt en rikere og mer omfattende forståelse av konflikten.
3. Utilstrekkelig kontekstualisering :Mens dokumentaren ga en detaljert redegjørelse for de militære hendelsene, mente noen historikere at den kunne ha gitt mer kontekst angående de sosiale, politiske og økonomiske kreftene som førte til krigen. De hevdet at seerne kunne ha fått en dypere forståelse av årsakene til konflikten hvis disse bredere historiske faktorene ble utforsket i større dybde.
4. Manglende oppmerksomhet på klasseskiller :Noen kritikere mente at dokumentaren ikke i tilstrekkelig grad tok for seg klasseskiller og ulikheter i både de nordlige og sørlige samfunnene. De hevdet at å fremheve disse forskjellene kunne ha gitt en mer nyansert analyse av den sosiale dynamikken under krigsperioden.
5. Begrenset diskusjon om krigens etterspill :Mens dokumentaren dekket de store hendelsene under borgerkrigen, ga den relativt mindre oppmerksomhet til gjenoppbyggingstiden og dens innvirkning på den etterfølgende utviklingen av USA. Noen historikere hevdet at å utforske denne perioden mer grundig kunne ha kastet lys over krigens varige arv.
Det er verdt å merke seg at disse kritikkene bare utgjør et begrenset perspektiv, og mange andre historikere og forskere har berømmet "Borgerkrigen" for dens bidrag til historisk forståelse, historiefortelling og offentlig engasjement. Dokumentaren er fortsatt en av de mest innflytelsesrike og høyt ansette historiske dokumentarene som noen gang er produsert.