På slutten av Danny Phantom beseirer Danny sin erkefiende Vlad Plasmius og redder verden fra hans onde planer. Han klarer også å frigjøre foreldrene fra Ghost Zone, og de blir gjenforent som en familie. Danny og vennene hans er i stand til å vende tilbake til sine normale liv, men de er nå klar over spøkelsesverdenen og ansvaret som følger med det.
Serien avsluttes med at Danny og vennene hans flyr inn i solnedgangen, klare til å møte de utfordringene som måtte komme.