I 1989 gikk Christian Brando inn i en domstol i Los Angeles for å møte en drapssiktelse. Han ble stilt for retten og dømt for å ha slått Dag Drollet i hjel i 1990 og ble dømt til 10 års fengsel. Drollet var kjæresten til Brandos halvsøster Cheyenne.
Etter drapsdommen fortsatte Brandos liv å spiral nedover til narkotikamisbruk og selvdestruksjon. Han forble fengslet til 1996 da han ble løslatt tidlig etter å ha sonet mindre enn halvparten av en 10-års dom.
I januar 2005 ble Brando arrestert igjen, denne gangen for angivelig å ha stjålet smykker verdt 2 millioner dollar fra sin egen mor. Anklagene mot ham ble senere henlagt.
På slutten av 2006 ble Christian Brando innlagt på sykehus etter å ha fått en lungeinfeksjon. Han ble deretter diagnostisert med lungebetennelse og overført til UCLA Medical Center i Los Angeles, California.
Christian Brando døde 26. januar 2008 ved UCLA Medical Center i en alder av 49. Dødsårsaken var lungebetennelse og komplikasjoner fra leversvikt.
Brandos død i en alder av 49 markerte en trist og tragisk slutt på et liv som kan ha vært fylt med så mye løfter og potensial. I stedet var det et liv på tragisk vis avkortet av avhengighet og vold.