Her er hva vi vet om hans musikalske produksjon:
* Han var først og fremst kirkemusiker. Dette er sannsynligvis grunnen til at de fleste av komposisjonene hans var ment for religiøse tjenester, som kantater, motetter og orgelverk.
* Han antas å ha skrevet flere kantater og koraler. Dessverre er ingen av disse bevart.
* Han skrev også noen få tastaturstykker. Noen av disse er fortsatt bevart, inkludert "Allein Gott in der Höh sei Ehr" og "Christ lag in Todesbanden", som regnes som tidlige eksempler på barokk orgelmusikk.
Det er viktig å huske at vår kunnskap om Johann Christoph Bachs arbeid er svært begrenset på grunn av mangelen på overlevende manuskripter. Derfor er det umulig å gi en omfattende liste over komposisjonene hans.
Imidlertid gir de etterlatte verkene verdifull innsikt i det musikalske miljøet der Johann Sebastian Bach vokste opp og ble påvirket.