Det offisielle flagget til St Charles County er rødbrun og hvit og har en fremtredende hvit sirkel med et rødbrun kors mot seg. Den rødbrune fargen representerer styrke, iver og inderlighet. Den hvite fargen symboliserer renhet, sannhet og tro. Det fremtredende hvite korset er symbolsk for fylkets arv og innflytelsen fra den katolske kirken i området siden de tidligste franske bosetningene.