Etter hvert som historien skrider frem, lærer Fiona at hennes sanne skjønnhet ikke ligger i hennes fysiske utseende, men i hennes vennlighet, kjærlighet og indre egenskaper. Hun velger å forbli i sin trollform, og omfavner sitt sanne jeg uavhengig av samfunnsnormer. Shreks første fordommer mot mennesker og troll blir også utfordret, og viser at ekte skjønnhet går utover fysiske egenskaper og forutinntatte forestillinger.
Filmen forsterker budskapet om at indre skjønnhet og evnen til å elske og bli elsket betyr mer enn overfladisk fysisk skjønnhet. Shrek og Fionas forhold understreker denne ideen når de finner kjærlighet og aksept til tross for deres fysiske forskjeller.