Dette albumet anses av mange for å være Flaming Lips' magnum opus. Det er et konseptalbum som forteller historien om en robot ved navn Yoshimi som kjemper mot en ond romvesen rase. Albumet er fullt av eksperimentelle lyder og psykedeliske effekter, og det inneholder noen av bandets mest ikoniske sanger, som "Do You Realize??" og "Yoshimi Battles the Pink Robots, Pt. 1".
* The Soft Bulletin (1999)
Dette albumet er nok en Flaming Lips-klassiker. Det er et mer eksperimentelt og psykedelisk album enn Yoshimi Battles the Pink Robots, og det inneholder noen av bandets vakreste og mest hjemsøkende sanger, som «Race for the Prize» og «Waitin' for a Superman».
* Embryonal (2009)
Dette albumet er en retur til Flaming Lips sine mer eksperimentelle røtter. Det er et bråkete, kaotisk og psykedelisk album som er fullt av overraskelser. Det er ikke for alle, men det er et must-lytte for fans av eksperimentell musikk.
* I krig med mystikerne (2006)
Dette albumet er et mer politisk og sosialt bevisst album enn Flaming Lips sine tidligere utgivelser. Den inneholder sanger om krig, fattigdom og miljøødeleggelse. Det er et kraftfullt og rørende album som garantert vil etterlate et varig inntrykk.
* American Head (2006)
Dette albumet er et mer rettfram rockealbum enn Flaming Lips sine tidligere utgivelser. Den inneholder noen av bandets mest fengende og hymnefulle sanger, for eksempel "The W.A.N.D." og "Hvem elsker du?".