Petrucci har brukt Ernie Ball Music Man-gitarer siden tidlig på 1990-tallet, og hans signaturmodeller er blant de mest populære gitarene i verden. Hans signaturmodeller inkluderer John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR og John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci brukte også Ibanez-gitarer på 1980- og begynnelsen av 1990-tallet. Hans mest kjente Ibanez-gitar er Ibanez RG550, som han brukte på Dream Theaters to første album.
Fender Stratocaster
Petrucci har også brukt Fender Stratocaster-gitarer noen ganger, spesielt for rene og bluesy toner.