Sangens tekster trekker på bilder relatert til vitenskap og eksperimentering. Hovedpersonen i sangen er avbildet som en "vitenskapsmann" som utfører eksperimenter og gjør observasjoner i et forsøk på å forstå verden rundt dem. De grubler på spørsmål om tilværelsens natur, livets opprinnelse og formålet med universet.
Gjennom hele sangen understreker Coldplay viktigheten av utholdenhet og spenst i jakten på kunnskap. Tekstene antyder at selv når man står overfor tilbakeslag og fiaskoer, er det avgjørende å fortsette å søke etter svar og aldri miste målet om å forstå universet av syne.
"Scientist" uttrykker også en følelse av undring og ærefrykt over skjønnheten og kompleksiteten i den naturlige verden. Hovedpersonen undrer seg over universets vidde, de intrikate detaljene i livet og mysteriene som forblir uløste. Sangen oppfordrer lytterne til å sette pris på verdens underverker og finne inspirasjon i jakten på vitenskapelig kunnskap.
I hovedsak feirer "Scientist" av Coldplay det menneskelige ønsket om forståelse og oppmuntrer oss til å utforske verden med en følelse av nysgjerrighet og undring. Det tjener som en påminnelse om viktigheten av vitenskap og jakten på kunnskap for å forme vår forståelse av universet og vår plass i det.