Den vanligste bare intonasjonstuning kalles Pythagoras tuning. I pytagoreisk stemming er oktaven (intervallet mellom to toner som høres dobbelt så høyt eller så lavt som hverandre) delt inn i 12 like trinn. Hvert av disse trinnene kalles en halvtone.
Følgende tabell viser intervallene mellom tonene i den kromatiske skalaen i pythagoras tuning, uttrykt som forhold mellom frekvenser:
* C:1/1
* C♯:256/243
* D:9/8
* D♯:32/27
* E:5/4
* F:4/3
* F♯:45/32
* G:3/2
* G♯:512/343
* A:5/3
* A♯:6/5
* B:15/8
Som du kan se fra tabellen, er ikke intervallene mellom noen toner i pytagoreisk stemming helt like. For eksempel er intervallet mellom C og C♯ (kalt en halvtone) mindre enn intervallet mellom D og D♯ (også kalt en halvtone). Dette er fordi intervallene i Pythagoras tuning er basert på forholdet mellom små hele tall, snarere enn på like intervaller.
De ulike intervallene til bare intonasjon kan skape en mer kompleks og interessant lyd enn de like intervallene med lik temperamenttuning. Men bare intonasjon kan også være vanskeligere å spille i tone, da det krever at musikere justerer tonehøyden på notene litt for å matche intervallene.