Tekstene beskriver en virvelvindsromantikk som virket perfekt til å begynne med, men som snart avslørte sin mørke side. Fortelleren synger om hvordan hun visste at det var røde flagg fra starten, men ignorerte dem på grunn av de intense følelsene hun hadde for denne personen.
Gjennom hele sangen bruker Swift metaforisk språk og bilder for å formidle den følelsesmessige uroen i forholdet. Hun sammenligner kjærligheten sin med en "rød forbannelse" og et "narkotika" som hun var avhengig av, til tross for at hun visste at det var skadelig.
Refrenget understreker fortellerens erkjennelse av at hun var i over hodet og burde ha sett problemene komme:"Jeg visste at du var trøbbel da du gikk inn, så skam meg nå."
Broen til sangen bygger seg opp til et klimaks når fortelleren uttrykker frustrasjonen og sinnet hennes, og ønsker at hun kunne gå tilbake og angre beslutningen om å bli involvert med denne personen. Hun innser at hun lot seg blende av følelsene sine og betalte prisen for det.
Det siste refrenget gjentar hovedbudskapet til sangen, og forsterker ideen om at fortelleren visste at kjærligheten hennes var urolig, men likevel tillot seg selv å bli fanget av den.
Totalt sett fungerer "I Knew You Were Trouble" som en advarende historie om farene ved å ignorere røde flagg og gi inn intense følelser i et forhold, noe som fører til til slutt hjertesorg og anger.