Sangen begynner med at Gerard synger om morens styrke og motstandskraft, og beskriver hvordan hun oppdro ham og broren Mikey på egen hånd etter foreldrenes skilsmisse. Han takker henne for hennes ubetingede kjærlighet og støtte, og for at hun lærte ham å være sterk og uavhengig.
Etter hvert som sangen skrider frem, åpner Gerard opp om følelsene av sorg og tap etter morens bortgang. Han synger om hvor mye han savner henne, og hvordan han skulle ønske han kunne ha tilbrakt mer tid med henne. Han uttrykker også skyld over at han ikke klarte å redde henne fra sykdommen.
Til tross for smerten og tristheten, feirer sangen til slutt livet og kjærligheten til Donna Lee Way. Gerard synger om hvordan hun alltid vil være i hjertet hans, og hvordan ånden hennes vil fortsette å veilede ham gjennom livet hans.
Musikkvideoen til "Mama" inneholder hjemmevideoer og fotografier av Gerard og Mikey med moren deres, samt opptak fra barndommen deres. Det gir en visuell representasjon av det nære båndet mellom Gerard og Donna, og det er med på å bringe sangens tekster til live.
Totalt sett er "Mama" en mektig og emosjonell sang som uttrykker den dype kjærligheten og beundring som Gerard Way hadde for sin mor. Det er en sang om sorg, tap og kjærlighetens varige kraft.