Gjennom hele sangen maler Tankian et levende bilde av følelsesmessig isolasjon, der individer er fanget i hver sin virkelighet, ute av stand til å virkelig nå eller forstå hverandre. Han bruker bilder av fysiske rom, som tomme hjem og golde landskap, for å speile tomheten som føles innenfor.
Videre tenker han på virkningen av teknologi og overfladiske forbindelser, og fremhever hvordan til tross for at han lever i en tid med konstant kommunikasjon, er det fortsatt en hulhet i menneskelig interaksjon.
Til syvende og sist er «Empty Walls» en oppfordring til dypere, genuine forbindelser, et uttrykk for ønsket om å bryte seg løs fra de følelsesmessige veggene som skiller mennesker og omfavne en mer tilfredsstillende menneskelig opplevelse. Det tjener som en kraftig påminnelse om betydningen av å fremme meningsfulle relasjoner og pleie det emosjonelle aspektet av livene våre.