Fløyten har også et nøkkelsystem som gjør at spilleren enkelt og raskt kan åpne og lukke tonehullene. Dette nøkkelsystemet består av en serie spaker og stenger som er koblet til tonehullene. Når en tast trykkes, åpner den tilsvarende tonehull, og når en tast slippes, lukker den tilsvarende tonehull.
Ved å variere lengden på luftsøylen og åpne og lukke tonehullene, kan fløytisten produsere et bredt spekter av toner. Den laveste tonen som en fløyte kan produsere er C under midten C, og den høyeste tonen som en fløyte kan produsere er C tre oktaver over midten C.