Musikalske seremonier er en del av Shinto-overholdelsen, og musikkinstrumenter som trommer og fløyter har enorm betydning. Spesielt trommer regnes som hellige og spilles rytmisk for å vekke gudenes følelser og trekke dem til seremoniene.
Shintomusikk er mangfoldig og omfatter både gammel rituell musikk og moderne tilpasninger som bevarer tradisjonelle elementer. Den høytidelige Kagura-musikken er selve symbolet på rituell musikk, fremført av prester og prestinner under store festivaler. Gagaku, en høvisk musikksjanger, blander innfødte japanske melodier med kinesisk påvirkning og spilles under seremonier av største betydning.
Innflytelsen fra Shinto-musikk har sivet inn i andre områder av japansk kultur, inkludert Noh-teater og folkeritualer. Japansk musikk beholder en nær forbindelse til nasjonens shinto-røtter, og musikalske komponenter fra disse ritualene fortsetter å gi gjenklang i moderne kunstneriske praksiser.