- Orkestermusikk:
- Brandenburg-konserter (1721)
- Orkestersuiter (1720-1723)
- Fiolinkonserter (1717-1723)
- Keyboardmusikk:
- The Well-tempered Clavier (1722, 1744)
- Goldberg-variasjoner (1741)
- Franske suiter (1722-1725)
- Oppfinnelser og sinfonier (1723)
- Orgelmusikk:
- Toccata og fuga i d-moll (ca. 1703-1707)
- Passacaglia og fuga i c-moll (ca. 1708)
- Preludium og fuga i G-dur (ca. 1730-1735)
- Vokalmusikk:
- Matteus-passion (1727)
- St John Passion (1724)
- Magnificat (1723)
- Juleoratorium (1734-1735)
- Andre verk:
- Das Musikalische Opfer (Det musikalske tilbudet) (1747)
- The Art of Fugue (ca. 1749-1750)
- Kantater (over 200)
- Messer (6)