En av de mest populære teoriene er at Beatles brukte backmasking, en teknikk der en melding tas opp bakover slik at den kan høres når den spilles i revers. Fansen har hevdet å høre forskjellige skjulte meldinger når de spiller Beatles-sanger baklengs, inkludert setninger som «Turn me on, dead man» i «Revolution 9» og «I buried Paul» i «Strawberry Fields Forever». Disse påstandene har blitt mye debattert og avvist av noen som pareidolia, tendensen til å oppfatte meningsfulle mønstre i tilfeldig eller urelatert informasjon.
En annen teori antyder at Beatles etterlot visuelle ledetråder og symbolikk i albumomslagene og reklamematerialet. Noen fans mener at coveret til "Sergeant Pepper's Lonely Hearts Club Band" inneholder et skjult bilde av en mann som står i mengden med ryggen mot seeren, som av noen antas å representere Paul McCartney. Andre har tolket symboler eller objekter på omslagene til album som "Abbey Road" og "Revolver" som å bære kryptiske meldinger.
I tillegg har noen fans analysert tekstene til Beatles-sanger, noe som tyder på at de inneholder tilslørte referanser til personlige opplevelser, sosiale kommentarer eller skjulte betydninger. Tolkning av tekstene kan være svært subjektiv, og selv om enkelte sanger kan gi gjenklang hos enkeltpersoner på forskjellige måter, er det ofte vanskelig å avgjøre om disse tolkningene var ment av bandet.
Det er verdt å merke seg at mange av disse skjulte meldingene og teoriene har blitt mye debattert, analysert og avvist av eksperter og kritikere. The Beatles selv har aldri offisielt bekreftet eller avkreftet disse spekulasjonene, og latt deres sanne natur være åpen for tolkning. Til syvende og sist, om man tror på tilstedeværelsen av skjulte meldinger i Beatles-album, er fortsatt et spørsmål om personlig perspektiv og individuell oppfatning.