De tidligste bongoene ble sannsynligvis utviklet av slavede afrikanere på Cuba som brukte dem til å lage musikk og uttrykke seg. Over tid ble bongo en stift i cubanske musikksjangre som son, rumba og salsa. De ble også adoptert av andre latinamerikanske land og spredte seg etter hvert over hele verden.
Bongo-trommer spilte en betydelig rolle i utviklingen av forskjellige musikalske stiler, inkludert jazz og latinjazz. På begynnelsen av 1900-tallet ble bongo introdusert for jazzmusikk av kjente perkusjonister som Chano Pozo og Tito Puente. De ble et populært instrument i forskjellige jazzband og bidro til sammensmeltingen av jazz og latinske rytmer.
I USA fikk bongoer popularitet i løpet av 1950- og 1960-årene som en del av den latinske musikkeksplosjonen. De ble omtalt i musikken til artister som Tito Puente, Machito og Celia Cruz. Bongos fant også veien inn i rock og popmusikk, hvor de ble brukt til å legge til et perkussivt element til sanger.
I dag er bongo fortsatt et viktig instrument i mange musikalske sjangre, inkludert latinmusikk, jazz og ulike former for populærmusikk. De brukes ofte i perkusjonsensembler og er også innlemmet i musikkutdanningsprogrammer rundt om i verden.
Historien til bongotrommer er et bevis på deres allsidighet, uttrykksevne og evne til å bringe mennesker sammen gjennom musikk. De er et symbol på kulturell utveksling, kreativitet og de rike tradisjonene til afro-cubansk musikk.