Blokkfløyten har en lang historie, helt tilbake til middelalderen. Det var et populært instrument i renessansen og barokken. Blokkfløyten ble brukt i en rekke musikk, inkludert folkesanger, danser og kirkemusikk.
På 1700-tallet ble blokkfløyten erstattet av fløyte som det primære treblåseinstrumentet. Blokkfløyten ble imidlertid fortsatt brukt i folkemusikk og i skoler. I dag er blokkfløyten fortsatt et populært instrument for nybegynnere.